A Cidasc realiza auditorias  periódicas nos laboratórios credenciados junto ao Departamento Estadual de Inspeção (DEINP) para garantir a confiabilidade dos ensaios de verificação da qualidade sanitária dos alimentos produzidos pelas agroindústrias registradas no Serviço de Inspeção Estadual (SIE) e no Sistema Brasileiro de Inspeção de Produtos de Origem Animal (SISBI) em Santa Catarina.

A avaliação da capacidade de produzir alimentos com a segurança alimentar suficiente para garantir a saúde dos consumidores é verificada através das análises realizadas por laboratórios credenciados ao DEINP. Estes passam por uma rigorosa verificação dos seus procedimentos, através das auditorias realizadas pela Coordenação de Credenciamento de Laboratórios de Análises de Alimentos (COCLA), ligada ao DEINP. 

Conforme as regras do edital de credenciamento, os laboratórios devem ser acreditados no INMETRO e seguirem a norma ISO 17025, a qual trata da garantia de qualidade dos resultados emitidos pelo laboratório, também sendo auditados por este órgão. No momento, há dezesseis laboratórios credenciados para receber amostras oficiais de alimentos coletados nas agroindústrias fiscalizadas pela CIDASC, de forma que esse número cresce à medida que mais laboratórios buscam prestar este serviço.

As empresas catarinenses registradas no SIE precisam coletar amostras oficiais para, a partir dos resultados emitidos pelos laboratórios, avaliar a qualidade dos produtos de origem animal feitos por estas empresas. As amostras são coletadas por médicos veterinários oficiais da Cidasc e por médicos veterinários habilitados para prestação destes serviços. 

Após a coleta, as empresas encaminham as amostras a um laboratório credenciado. Existem duas frequências de coletas de amostra: uma mensal, para avaliar se há contaminação microrganismo causadores de doenças transmissíveis por alimentos (DTA); e outra semestral, para avaliar parâmetros dos regulamentos de identidade dos produtos para combate a fraude, além dos testes de verificação microbiológica, também realizada nas coletas mensais.

É a partir destas análises que o DEINP avalia se as agroindústrias estão produzindo produtos de origem animal que atendam aos padrões exigidos e que  apresentam condições de consumo, sem colocar em risco a saúde do consumidor. Estão submetidas a este controle empresas como laticínios, abatedouros, distribuidores de mel e pescado, fábrica de ovos e granjas avícolas. 

Quando é constatada a presença de microrganismos patogênicos nas amostras coletadas, são tomadas medidas como o recolhimento de lotes do produto e resolução do problema pelas empresas, conforme os procedimentos de autocontrole que cada agroindústria possui. Para que este sistema de controle seja efetivo, os laboratórios credenciados precisam cumprir os prazos para emissão dos laudos, previstos no edital de credenciamento.

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